MI Miftahul Huda mempunyai program unggulan yakni kelas olimpiade atau study club. Program ini khusus untuk Siswa/I yang berprestasi khusus di bidang mata pelajaran matematika dan IPAS/SAINS. Berawal dari seleksi yang diikuti oleh Siswa/I yang unggul di kelasnya, setelah itu diambil melalui tes khusus dan nilai yang tertinggi akan masuk di kelas tersebut.
Kelas olimpiade mempunyai kelas, materi dan waktu belajar yang khusus serta dilatih oleh pelatih khusus di bidangnya. Banyak target lomba yang diikuti, mulai dari olimpiade tingkat kabupaten, KSM (Kompetisi Sains Madrasah), OSN dan kejuaraan lainnya.
Tahun 2024 merupakan tahun pertama dimulai kelas ini dan alhamdulillah menjuarai 2 KSM Matematika tingkat Kabupaten Pasuruan, juara 1 OLIMIPA tingkat kabupaten dan dikirm ke tingkat JATIM tahun 2024 serta kejuaraan yang lainnya baik online mupun offline.